Taucher schätzen an Yap vor allem die Mantarochen, die das ganze Jahr über zahlreich in den Riffen rund um die Insel anzutreffen sind. Aber auch darüber hinaus hat Yap einiges zu bieten: verschiedene Haiarten, Thunfischschwärme, Schildkröten, Adler- und Stachelrochen sowie Barrakudas und im Makrobereich: Mandarinfische, Geisterfetzen- und Anglerfische und Nacktschnecken.
Tauchen ist in Yap das ganze Jahr über bei durchschnittlichen Wasertemperaturen um 27° möglich. Die Sichtweiten reichen von 30 bis 60 Meter, in den Kanälen am Riff und den Putzerstationen für Mantas sinken sie gelegentlich auf 10 Meter. Die Monate mit dem geringsten Niederschlag sind Dezember bis April, in diese Zeitraum fällt auch die Paarung der Mantas. Die bekannte gebietstreue Population umfasst nach Einführung des Schutzgebietes 2008 mehr als 100 Exemplare. Während der Paarungszeit versammeln sich die Mantas vor allem im Mi`l Channel im Westen der Insel, in den Sommermonaten sind sie eher an den Putzerstationen im Goofnow Channel im Osten anzutreffen. Haie können mit großer Wahrscheinlichkeit an den Tauchplätzen Yap Caverns, Yap Corner und Vertigo beobachtet werden. Graue Riffhaie, Weiß- und Schwarzspitzenhaie besuchen die Riffe von Yap regelmäßig, Silberspitzenhaie die Steilwand Big Bend und gelegentlich Leoparden-, Hammer- und Seidenhaie.
Tauchen um Yap bietet darüber hinaus abwechslungsreiche Korallenriffe mit mehr als 200 Weich- und Hartkorallenarten, Schildkröten, Barrakudas, Napoleons und beeindruckende Makrospots im Süden. Im Mangrovengürtel, der fast die gesamte Insel umgibt, lebt der Schützenfisch, der seine Beute mit einem Wasserstrahl „abschießt“.
